2020년 만들었던 ShinyApps

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# 2020년 만들었던 ShinyApps
## <a href="https://github.com/shinykorea/Meetup">Shinykorea 밋업</a>
### 김진섭; <a href="https://github.com/jinseob2kim"><span><i class="fab  fa-github faa-float animated "></i>jinseob2kim</span></a>
### 차라투
### 2020-06-26

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<div class="my-footer"><span><a href="https://www.zarathu.com">Zarathu Co.,Ltd</a>   
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<a href="https://github.com/jinseob2kim">김진섭</a></span></div>

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# Executive Summary

- 대한심혈관중재학회 [COBIS III 레지스트리](https://clinicaltrials.gov/ct2/show/NCT03068494) 분석: [추가계약](http://pf.kakao.com/_XsuxgC/48388190)

- 서울성모병원 [COREA-AMI II 레지스트리](https://clinicaltrials.gov/ct2/show/NCT02806102) 분석: [10개 연구 계약](http://pf.kakao.com/_XsuxgC/48043955)

- 삼성서울병원 [공통데이터모델(CDM)](http://www.feedernet.org/html/?pmode=cdmdrn) 분석: [심평원 코로나데이터](https://hira-covid19.net/) 분석 중

- 강동성심병원 위암 위험인자 분석: 공단표본데이터 분석 중

- 경기도감염병관리지원단 코로나 대시보드 with Shinykorea: [최종보고](https://shinykorea.github.io/corona-activityrecord)

- 삼성서울병원 이식외과 육종(sarcoma) 데이터 분석: [5개 연구 계약](http://pf.kakao.com/_XsuxgC/51701089)

- 해운대백병원 정신질환 네트워크분석: [논문 4편](http://pf.kakao.com/_XsuxgC/52664370) 게재

- 성균관의대 환경역학연구실 [미세먼지 대시보드](http://pf.kakao.com/_XsuxgC/43627405)

.large[
Shiny로 연구용 환자정보 입력웹(Electronic Case Report Forms, eCRF) 만들어 분석모듈 앞에 붙이고 싶습니다.
]

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# 지원사업 선정

- [인공지능 고성능 컴퓨팅 지원(NIPA)](http://pf.kakao.com/_XsuxgC/47697531): 램 170기가 GPU 서버 내년 2월까지 이용. 강동성심병원 공단표본데이터 분석에 이용

- [클라우드 기반 SW개발환경 지원(NIPA)](http://pf.kakao.com/_XsuxgC/45852850): KT 클라우드 720만원 쿠폰, http://app.zarathu.com 운영 중.

- [공개 SW커뮤니티 자원](http://pf.kakao.com/_XsuxgC/46167561): Shinykorea 모임장소, 토즈이용요금

- 초기창업패키지 1차 탈락...

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# COBIS III

- 작년 10개 연구 계약, 올해 5개 추가 진행 중

![](cobis3_2020.png)

- Prpensity score 매칭, IPTW 가중치

- Table 1, 생존분석, 생존곡선

- 서브그룹분석, forestplot

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![Subgroup 분석](cobis3_joonletter.png)

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# COREA-AMI II

- 1년간 10개 연구 계약

![](corea-ami.png)

- Prpensity score 매칭, IPTW 가중치

- Table 1, 생존분석, 생존곡선

- 서브그룹분석, forestplot

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![](corea-ami_md.png)

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# 공통데이터모델(CDM)

- 병원들의 **데이터형태를 통일**하면, 분석코드 하나로 여러 병원의 분석이 가능.

- **분석코드가 R** 패키지형태로 만들어지고, **결과는 shiny** 로 보여짐.

- 심평원 코로나데이터가 CDM 형태로도 제공되어 삼성서울병원 연구진과 분석 중.

![](cdm_source.png)
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![](cdm_shiny.png)

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# 공단표본데이터 위암 연구

- 강동성심병원 내과와 공동연구

- 데이터 100기가 이상, RAM 이 커야함. 지원받은 인공지능 고성능 서버 이용.

분석모듈

- Prpensity score 매칭, IPTW 가중치

- Table 1, 생존분석, 생존곡선

- 서브그룹분석, forestplot

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# 코로나 대시보드

- 경기도감염병관리지원단 의뢰, with Shinykorea

고려사항

- 보안: 로그인, Dropbox/구글시트 접근권한

- 이용자 의견 반영한 색상, 그래프, 테이블

- 경기도 색상과 폰트 적용

- 리포트 다운기능: pdf/word 각각

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# 개발 1: [병상관리 대시보드](https://github.com/shinykorea/corona-sickbed)

![](https://shinykorea.github.io/corona-activityrecord/d1.png)

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# 병상관리 대시보드 요약

.large[
https://github.com/shinykorea/corona-sickbed

- 목표: 경기도 병원 및 생활치료센터의 가용병상 현황을 보여주는 대시보드를 개발, 중증환자 입원에 대한 긴급대책단의 의사결정을 돕는다.

- 정부제공 서버에 배포 중

- 주요 기능: **로그인, Dropbox 연계 엑셀파일 업데이트, 병상현황 그래프/지도, 리포트 다운로드(pdf/word)**

]

![](dropbox.png)

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# 개발 2: [확진자 건강관리](https://github.com/shinykorea/corona-triage)

![](https://user-images.githubusercontent.com/6457691/76766387-4157e700-67db-11ea-9d54-2b380006fa90.png)

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![](https://user-images.githubusercontent.com/6457691/76766436-559be400-67db-11ea-8175-d23e5b3c5c9a.png)

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# 확진자 건강관리 요약

.large[
https://github.com/shinykorea/corona-triage

- 목표: Covid-19 확진자를 중증도에 따라 분류, 의료자원을 고려한 치료 전략에 도움을 준다.

- 현재 정부지원 서버에 배포 중

- 주요 기능: **로그인, 구글 시트 연계 엑셀파일 업데이트, 구글 설문지 동기화, 전체 환자/센터별/개인별 상세 정보, 그래프**
]

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# 육종(sarcoma) 데이터 분석

- [삼성서울병원 이식외과](http://pf.kakao.com/_XsuxgC/51701089)

- 데이터정리, Shiny 분석웹 제공

- 현재 2개 연구 진행 중

분석모듈

- Table 1

- 로지스틱 회귀분석, 생존분석, 생존곡선

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![](sarcoma.png)

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# 정신질환 네트워크 분석

- 작년부터 with 해운대백병원 정신과

- [qgraph](http://sachaepskamp.com/qgraph/examples) 패키지 이용, 네트워크분석웹 개발

![](cogito.png)

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![](https://onlinelibrary.wiley.com/cms/asset/3369aef2-5fb4-49a2-8209-9a088e648cbb/pcn12989-fig-0002-m.jpg)

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# 미세먼지 대시보드

- 성균관의대 환경역학연구실 의뢰

- 신축아파트에 미세먼지 모듈 제공 가능성 연구

- [RSelenium 으로 긁어온 데이터](https://blog.zarathu.com/posts/2019-11-30-rseleniumtip/) 를 업로드하는 형태

![](kweather.png)

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# 코로나 예측모형

.large[
서울시 감염병관리지원단 자문

* 통계적 모델링, 예측을 shiny로 구현
]

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# 목표: eCRF

.large[
연구용 환자정보입력웹(eCRF) 를 개발, 분석모듈과 연계한다.

- 환자정보입력, 진행상황 관리, 통계분석을 종합서비스 
]

.large[
현재 eCRF 제공업체는 많으나, 분석지원은 미흡

- 나는 분석지원만 함. 데이터 만들고 관리하는 것에 도움을 못줌.

]

https://www.youtube.com/watch?v=jznpq1LyhpY

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# Executive Summary

- 대한심혈관중재학회 [COBIS III 레지스트리](https://clinicaltrials.gov/ct2/show/NCT03068494) 분석: [추가계약](http://pf.kakao.com/_XsuxgC/48388190)

- 서울성모병원 [COREA-AMI II 레지스트리](https://clinicaltrials.gov/ct2/show/NCT02806102) 분석: [10개 연구 계약](http://pf.kakao.com/_XsuxgC/48043955)

- 삼성서울병원 [공통데이터모델(CDM)](http://www.feedernet.org/html/?pmode=cdmdrn) 분석: [심평원 코로나데이터](https://hira-covid19.net/) 분석 중

- 강동성심병원 위암 위험인자 분석: 공단표본데이터 분석 중

- 경기도감염병관리지원단 코로나 대시보드 with Shinykorea: [최종보고](https://shinykorea.github.io/corona-activityrecord)

- 삼성서울병원 이식외과 육종(sarcoma) 데이터 분석: [5개 연구 계약](http://pf.kakao.com/_XsuxgC/51701089)

- 해운대백병원 정신질환 네트워크분석: [논문 4편](http://pf.kakao.com/_XsuxgC/52664370) 게재

- 성균관의대 환경역학연구실 [미세먼지 대시보드](http://pf.kakao.com/_XsuxgC/43627405)

.large[
Shiny로 연구용 환자정보 입력웹(Electronic Case Report Forms, eCRF) 만들어 분석모듈 앞에 붙이고 싶습니다.
]

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# END