Be a data scientist - major actor in the future research

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# Be a data scientist - major actor in the future research
## 헬리코박터 마이크로바이옴 연구회
### 김진섭; <a href="https://github.com/jinseob2kim">jinseob2kim</a>
### 차라투(주)
### 2021-08-28

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<div class="my-footer"><a href="https://www.zarathu.com">Zarathu Co.,Ltd</a> 
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<a href="https://github.com/jinseob2kim">김진섭</a></div>

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# Executive summary

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* [R](https://www.r-project.org/)로 통계분석 뿐 아니라 [논문](https://github.com/rstudio/rticles), [발표 슬라이드](https://github.com/yihui/xaringan), [홈페이지](https://github.com/rstudio/blogdown), [블로그](https://rstudio.github.io/distill/), [웹 어플리케이션](https://shiny.rstudio.com/)을 만들 수 있다. 
]

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* 의학연구자들에게 [맞춤형 통계 웹](http://app.zarathu.com)을 제공.

* 범용으로 쓰일만한 것들을 [웹](http://app.zarathu.com)과 [R 패키지](https://github.com/jinseob2kim/jsmodule)로 배포.

]

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모임 소개

* [shinykorea](https://github.com/shinykorea/Meetup) 밋업 후원: [R](https://www.r-project.org/) 웹만들기 지식 공유

* 카카오 오픈채팅: 프로그래밍 갤러리 R사용자 모임
]

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# 소개

- 예방의학 전공하며 통계, 프로그래밍 공부.

- 삼성전자 근무하며 디지털헬스와 창업을 알게 됨.

- 통계 이론으로 박사논문 쓰려다 실패, 창업지원사업 선정.

- 통계지원 법인 차라투 설립. https://www.zarathu.com
]

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# Team

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![](slack.png)

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# 21년 진행상황

![](21.png)

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# [R](https://www.r-project.org/)의 확장

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# [R](https://www.r-project.org/)의 확장

[R](https://www.r-project.org/)은 이제 단순한 통계프로그램이 아님.

* [R Markdown](https://rmarkdown.rstudio.com/): 논문과 발표자료를 [R](https://www.r-project.org/) 에서 직접 만듦. [과거 정리 내용](https://blog.zarathu.com/posts/2019-01-03-rmarkdown/)

* [blogdown](https://github.com/rstudio/blogdown): 홈페이지도 만들 수 있음. 당사 홈페이지도 이것과 [distill](https://rstudio.github.io/distill/) 로 제작.

* [Shiny](https://shiny.rstudio.com/), [Shiny Server](https://www.rstudio.com/products/shiny/shiny-server/): 서버 구축하고 웹기반 앱을 만들 수 있음.

법인 설립 후 모든 작업에 [R](https://www.r-project.org/)을 이용함.

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# 논문

[R](https://www.r-project.org/)에서 글, 그림, 테이블, 참고문헌까지 직접 작성. 
 
* [rticles](https://github.com/rstudio/rticles): 대부분 학술지의 템플릿을 포함.

[준비하던 박사논문](https://blog.zarathu.com/posts/2018-11-08-mdlm/)

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# 발표 슬라이드

논문쓸 때 이용했던 R 코드 활용, 빠르게 발표 슬라이드 제작 가능.

* [기본 템플릿](https://rmarkdown.rstudio.com/lesson-11.html), [xaringan](https://github.com/yihui/xaringan) 패키지: 이 슬라이드도 [xaringan](https://github.com/yihui/xaringan)으로 제작.

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# 홈페이지

[blogdown](https://github.com/rstudio/blogdown), [distill](https://rstudio.github.io/distill/): [깃허브](https://pages.github.com/) 통해 무료 웹호스팅 가능.

[홈페이지](https://github.com/zarathucorp/zarathu), [블로그](https://github.com/zarathucorp/blog)

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# 웹 앱

[Shiny](https://shiny.rstudio.com/): [R](https://www.r-project.org/) 코드만으로 웹앱 제작

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# 웹 대시보드

[shinydashboard](https://rstudio.github.io/shinydashboard/), [flexdashboard](https://rmarkdown.rstudio.com/flexdashboard/) 등

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# 웹 서버

[Shiny Server](https://www.rstudio.com/products/shiny/shiny-server/): [Shiny](https://shiny.rstudio.com/)를 서버에서 구동.

[Zarathu app](http://app.zarathu.com)

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# Shiny 소개

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### [Shiny](https://shiny.rstudio.com/) is an R package that makes it easy to **build web applications with R**

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# 웹 개발 지식 없어도 됨

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# Shiny app

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# UI & SERVER

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# UI & SERVER

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# Make basic App

* `app.R` 파일 만들고(**이름 바뀌면 안됨**)

* `ui` 와 `server` 코드 작성 후 `shinyApp` 으로 마무리. **Run App** 눌러 실행.

- `ui.R`, `server.R` 따로 작성할 수도 있음. 개인 취향

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# Stop App

**ESC** or 빨간 **Stop** 버튼

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# 하는일: 의학통계지원

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# 맞춤형 통계웹

![](ss.png)
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# [공개 통계웹](http://app.zarathu.com)

![](https://blog.zarathu.com/posts/2018-11-24-basic-biostatistics/app.gif)

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# 주요 계약

- 대한심혈관중재학회 [COBIS III 레지스트리](https://clinicaltrials.gov/ct2/show/NCT03068494) 분석: [추가계약](http://pf.kakao.com/_XsuxgC/48388190)

- 서울성모병원 [COREA-AMI II 레지스트리](https://clinicaltrials.gov/ct2/show/NCT02806102) 분석: [10개 연구 계약](http://pf.kakao.com/_XsuxgC/48043955)

- 삼성서울병원 [공통데이터모델(CDM)](http://www.feedernet.org/html/?pmode=cdmdrn) 분석: [심평원 코로나데이터](https://hira-covid19.net/) 분석 중

- 강동성심병원 CDM 분석지원

- 경기도감염병관리지원단 코로나 대시보드 with Shinykorea: [최종보고](https://shinykorea.github.io/corona-activityrecord)

- 삼성서울병원 이식외과 육종(sarcoma) 데이터 분석: [5개 연구 계약](http://pf.kakao.com/_XsuxgC/51701089)

- 해운대백병원 정신질환 네트워크분석: [논문 5편](http://pf.kakao.com/_XsuxgC/52664370) 게재

- 성균관의대 환경역학연구실 [미세먼지 대시보드](http://pf.kakao.com/_XsuxgC/43627405)

- 삼성서울병원, 아주대병원 심평원/공단 빅데이터 분석 중

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# 공통데이터모델(CDM)

- 병원들의 **데이터형태를 통일**하면, 분석코드 하나로 여러 병원의 분석이 가능.

- **분석코드가 R** 패키지형태로 만들어지고, **결과는 shiny** 로 보여짐.

- 심평원 코로나데이터가 CDM 형태로도 제공되어 삼성서울병원 연구진과 분석 중.

![](https://github.com/jinseob2kim/PresentationShinyMed/raw/master/docs/shinymed2020/cdm_source.png)
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![](https://github.com/jinseob2kim/PresentationShinyMed/raw/master/docs/shinymed2020/cdm_shiny.png)

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[![](https://oopy.lazyrockets.com/api/v2/notion/image?src=https%3A%2F%2Fs3-us-west-2.amazonaws.com%2Fsecure.notion-static.com%2F07af45a4-8707-4805-8c1c-5002b877ecc4%2FPPI%EC%99%80_%EC%9C%84%EC%95%94_%EA%B3%B5%EB%8B%A8_CDM-1.png&blockId=71d45738-41f4-4999-8717-31bff8ead0a8)](https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1111/jgh.14983)

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[![](https://oopy.lazyrockets.com/api/v2/notion/image?src=https%3A%2F%2Fs3-us-west-2.amazonaws.com%2Fsecure.notion-static.com%2Fec763116-7dd5-4f75-92f1-58d5d2ee0553%2FmyopiaAXL_jrkim.jpg&blockId=d8f6db23-99b6-4d5f-9a22-c6089b4e0588)](https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0248058)

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# 코로나 대시보드

고려사항

- 보안: 로그인, Dropbox/구글시트 접근권한

- 이용자 의견 반영한 색상, 그래프, 테이블

- 경기도 색상과 폰트 적용

- 리포트 다운기능: pdf/word 각각

]

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# 개발 1: [병상관리 대시보드](https://github.com/shinykorea/corona-sickbed)

![](https://shinykorea.github.io/corona-activityrecord/d1.png)

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# 병상관리 대시보드 요약

- 목표: 경기도 병원 및 생활치료센터의 가용병상 현황을 보여주는 대시보드를 개발, 중증환자 입원에 대한 긴급대책단의 의사결정을 돕는다.

- 정부제공 서버에 배포 중

- 주요 기능: **로그인, Dropbox 연계 엑셀파일 업데이트, 병상현황 그래프/지도, 리포트 다운로드(pdf/word)**

]

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# 개발 2: [확진자 건강관리](https://github.com/shinykorea/corona-triage)

![](https://user-images.githubusercontent.com/6457691/76766387-4157e700-67db-11ea-9d54-2b380006fa90.png)

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![](https://user-images.githubusercontent.com/6457691/76766436-559be400-67db-11ea-8175-d23e5b3c5c9a.png)

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# 확진자 건강관리 요약

- 목표: Covid-19 확진자를 중증도에 따라 분류, 의료자원을 고려한 치료 전략에 도움을 준다.

- 현재 정부지원 서버에 배포 중

- 주요 기능: **로그인, 구글 시트 연계 엑셀파일 업데이트, 구글 설문지 동기화, 전체 환자/센터별/개인별 상세 정보, 그래프**
]

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# 정신질환 네트워크 분석

- 작년부터 with 해운대백병원 정신과

- [qgraph](http://sachaepskamp.com/qgraph/examples) 패키지 이용, 네트워크분석웹 개발

![](https://github.com/jinseob2kim/PresentationShinyMed/raw/master/docs/shinymed2020/cogito.png)

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![](https://onlinelibrary.wiley.com/cms/asset/3369aef2-5fb4-49a2-8209-9a088e648cbb/pcn12989-fig-0002-m.jpg)

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# 미세먼지 대시보드

- 성균관의대 환경역학연구실 의뢰

- 신축아파트에 미세먼지 모듈 제공 가능성 연구

- [RSelenium 으로 긁어온 데이터](https://blog.zarathu.com/posts/2019-11-30-rseleniumtip/) 를 업로드하는 형태

![](https://github.com/jinseob2kim/PresentationShinyMed/raw/master/docs/shinymed2020/kweather.png)

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# eCRF 개발

![](https://user-images.githubusercontent.com/6457691/118844416-e7ced900-b905-11eb-84a2-91ae1f17fa7f.png)

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<center><img src="https://user-images.githubusercontent.com/6457691/119016201-a5c09880-b9d4-11eb-9b9a-efc1efe737b9.png" width=60%></center>

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class: center, middle

# 기타 활동

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# 프로그램 개발, 블로그 운영

- [jstable](https://github.com/jinseob2kim/jstable): 논문용 테이블 만들기

- [jskm](https://github.com/jinseob2kim/jskm): 생존분석 그림 만들기

- [jsmodule](https://github.com/jinseob2kim/jsmodule): 웹에서 하는 통계분석
]

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.large[
데이터 분석용 가상머신([docker](https://www.docker.com/) image)

- [rshiny](https://github.com/jinseob2kim/docker-rshiny): [Rstudio](https://www.rstudio.com/)와 [shiny server](https://www.rstudio.com/products/shiny/shiny-server/) 가 설치된 이미지.
]
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.large[
[블로그](https://blog.zarathu.com/), 카카오톡 오픈채팅방- 프로그래밍 갤러리 R 유저 모임
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# 70,000 다운로드

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# 공부모임: Shiny 밋업

- 월 1회 공부내용 공유. 26회 진행

- 의료/유전학/축산/반도체/게임/IPTV/회계 등 다양한 분야 사람들이 모임.

- 경기도 코로나 대시보드 공동작업
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# 프로그래밍갤러리 R 유저모임

카카오톡 오픈채팅방 운영: 정모 1회
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# Executive summary

* 의학연구자들에게 [맞춤형 통계 웹](http://app.zarathu.com)을 제공.

* 범용으로 쓰일만한 것들을 [웹](http://app.zarathu.com)과 [R 패키지](https://github.com/jinseob2kim/jsmodule)로 배포.

* [shinykorea](https://github.com/shinykorea/Meetup) 밋업 후원: [R](https://www.r-project.org/) 웹만들기 지식 공유

* 카카오 오픈채팅: 프로그래밍 갤러리 R사용자 모임
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# END