R 활용 공공빅데이터 분석지원

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# R 활용 공공빅데이터 분석지원
## 대한상부위장관 · 헬리코박터학회
### 김진섭; <a href="https://github.com/jinseob2kim"><span><i class="fab  fa-github faa-float animated "></i>jinseob2kim</span></a>
### 차라투(주)
### 2021-09-12

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<div class="my-footer"><span><a href="https://www.zarathu.com">Zarathu Co.,Ltd</a>   
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<a href="https://github.com/jinseob2kim">김진섭</a></span></div>

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# Executive summary

[R](https://www.r-project.org/) 로 보험공단/심평원 빅데이터 분석가능.
- 공단표본코호트 V1 은 내부 분석환경 구축

- 공단표본코호트 V2, 심평원 데이터는 원격 분석환경 이용

- 대용량데이터 위한 R 패키지: [data.table](https://github.com/Rdatatable/data.table), [fst](https://www.fstpackage.org/), [parallel](https://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/parallel/doc/parallel.pdf)

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자체개발 R 패키지 CRAN 배포, 원격분석환경에서도 이용가능.
- Kaplan-meier 그림 [jskm](https://github.com/jinseob2kim/jskm), 논문용 테이블 [jstable](https://github.com/jinseob2kim/jstable), GUI 분석 [jsmodule](https://github.com/jinseob2kim/jsmodule)

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[Shiny](https://shiny.rstudio.com/) 로 웹기반 실시간 분석서비스.

- 내부 분석환경: 웹에서 실시간 분석수행

- 원격 분석환경: 모든 분석결과 반출 후 웹기반 시각화

- Excel/PPT 다운로드

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CDM 다기관 메타분석 서비스
- Table 1 합치기, Forest/Funnel plot 등

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# With R

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# KNHIS

- V2(02-15): 구매 후 원격접속(접속할때마다 SMS 인증)

맞춤형 데이터
- 명동/원주 분석실 가야함.

- 데이터 신청과정에서 분석언어 선택: SAS vs R/python 
]

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.large[
**CRAN 패키지만 설치가능**, github 패키지 불가
- R version 문제로 CRAN 패키지도 설치안되기도..
]

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# HIRA

- **고정 IP 필수**, 2개 IP만 등록가능

- 마찬가지로 **CRAN 패키지만 설치가능**
]

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# 필수 패키지

[data.table](https://github.com/Rdatatable/data.table)
- 대용량, 빠른 데이터 처리하려면 필수.

- 문법 간결하나 직관성 떨어짐.

[fst](https://www.fstpackage.org/)
- 가장 빠른 파일읽기, [data.table](https://github.com/Rdatatable/data.table) 지원

[parallel](https://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/parallel/doc/parallel.pdf)
- 서버 multicore 활용

]

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# 자체개발 패키지: [jskm](https://github.com/jinseob2kim/jskm)

![](https://jinseob2kim.github.io/jskm/reference/figures/README-unnamed-chunk-5-3.png)

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# [jstable](https://github.com/jinseob2kim/jstable)

```r
library(jstable)
glm_binomial <- glm(vs~cyl + disp, data = mtcars, family = binomial)
glmshow.display(glm_binomial, decimal = 2)
```

```
## $first.line
## [1] "Logistic regression predicting vs\n"
## 
## $table
##      crude OR.(95%CI)   crude P value adj. OR.(95%CI)    adj. P value
## cyl  "0.2 (0.08,0.56)"  "0.002"       "0.15 (0.02,1.02)" "0.053"     
## disp "0.98 (0.97,0.99)" "0.002"       "1 (0.98,1.03)"    "0.715"     
## 
## $last.lines
## [1] "No. of observations = 32\nAIC value = 23.8304\n\n"
## 
## attr(,"class")
## [1] "display" "list"
```

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# [jsmodule](https://github.com/jinseob2kim/jsmodule)

![](https://github.com/jinseob2kim/jsmodule/raw/master/vignettes/figures/ps.png)

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# Download

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# Web with shiny

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# 자체서버: 실시간 분석웹

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# 원격서버: 결과반출 후 시각화

테이블은 엑셀, 그림은 PPT 로 다운받고 수정 가능.

]

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# [Meta분석 웹서비스](http://app.zarathu.com/meta-analysis/)

논문쓰려면 다기관 CDM 결과를 합쳐야됨
- 합친 table 1, forestplot, funnelplot 등

![](meta-analysis.png)

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# Executive summary

[R](https://www.r-project.org/) 로 보험공단/심평원 빅데이터 분석가능.
- 공단표본코호트 V1 은 내부 분석환경 구축

- 공단표본코호트 V2, 심평원 데이터는 원격 분석환경 이용

자체개발 R 패키지 CRAN 배포, 원격분석환경에서도 이용가능.
- Kaplan-meier 그림 [jskm](https://github.com/jinseob2kim/jskm), 논문용 테이블 [jstable](https://github.com/jinseob2kim/jstable), GUI 분석 [jsmodule](https://github.com/jinseob2kim/jsmodule)

[Shiny](https://shiny.rstudio.com/) 로 웹기반 실시간 분석서비스.

- 내부 분석환경: 웹에서 실시간 분석수행

- 원격 분석환경: 모든 분석결과 반출 후 웹기반 시각화

- Excel/PPT 다운로드

CDM 다기관 메타분석 서비스
- Table 1 합치기, Forest/Funnel plot 등

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# END