class: center, middle, inverse, title-slide .title[ # Reviewer들을 위한 의학통계 ] .author[ ### 김진섭 ] .institute[ ### 차라투(주) ] --- layout: true <div class="my-footer"><span><a href="https://www.zarathu.com">Zarathu Co.,Ltd</a> &emsp;&emsp;&emsp;&emsp;&emsp;&emsp;&emsp;&emsp;&emsp;&emsp;&emsp;&emsp;&emsp; &emsp;&emsp;&emsp;&emsp;&emsp;&emsp;&emsp;&emsp;&emsp;&emsp;&emsp;&emsp;&emsp; <a href="https://github.com/jinseob2kim">김진섭</a></span></div> --- # Executive summary **Table 1** - 연속변수 2그룹: 정규분포 **t-test**, 아니면 **Wilcox-test** - 연속변수 3그룹이상: 정규분포 **ANOVA**, 아니면 **Kruskal–Wallis ANOVA** - 범주형 변수: 샘플수 충분하면 **Chisq-test**, 아니면 **Fisher-test** **회귀분석** - **Univariate, multivariate** 같이 보여주기, **Subgroup** 분석 추천 - **Stepwise selection 비추천**: 예측모형 목적 아님, 임상맥락 고려X **생존분석** - Kaplan-meier 그림선 겹치면 안됨: **Time stratification** 필요 - 보정할 변수가 Index time 이후면 안됨: **Time-dependent covariate** 필요 - Propensity score 매칭 후 pair 고려한 **stratified cox 는 필수아님** **국민건강영양조사** - **표본추출정보를 고려**한 통계분석: Survey table1/GLM/Cox --- class: center, middle # 소개 --- # 맞춤형 통계웹 <center> <img src="https://jinseob2kim.github.io/lecture-general/korea-preventive/ss.png" width=70%></a> </center> --- # [공개 통계웹](http://app.zarathu.com) <center> <img src="openstat.jpg" width=70%></a> </center> --- # 주요 계약 - 대한심혈관중재학회 [COBIS III 레지스트리](https://clinicaltrials.gov/ct2/show/NCT03068494) 분석: [추가계약](http://pf.kakao.com/_XsuxgC/48388190) - 서울성모병원 [COREA-AMI II 레지스트리](https://clinicaltrials.gov/ct2/show/NCT02806102) 분석: [10개 연구 계약](http://pf.kakao.com/_XsuxgC/48043955) - 삼성서울병원 [공통데이터모델(CDM)](http://www.feedernet.org/html/?pmode=cdmdrn) 분석: [심평원 코로나데이터](https://hira-covid19.net/) 분석 중 - 강동성심병원 CDM 분석지원: 공단표본데이터 분석 중 - 경기도감염병관리지원단 코로나 대시보드 with Shinykorea: [최종보고](https://shinykorea.github.io/corona-activityrecord) - 삼성서울병원 이식외과 육종(sarcoma) 데이터 분석: [5개 연구 계약](http://pf.kakao.com/_XsuxgC/51701089) - 해운대백병원 정신질환 네트워크분석: [논문 5편](http://pf.kakao.com/_XsuxgC/52664370) 게재 - 성균관의대 환경역학연구실 [미세먼지 대시보드](http://pf.kakao.com/_XsuxgC/43627405) - [삼성서울병원 정신과, 응급의학과, 임상역학센터 통계자문계약](http://pf.kakao.com/_XsuxgC/55192190) - [서울대병원 순환기내과 통계자문계약](http://pf.kakao.com/_XsuxgC/55577702) --- # 주요 논문 성과 .large[ SCI 논문 200건 지원 ] <center> <img src="paper.png" width=80%></a> </center> --- # R&D, 지원사업 .large[ - 창업도약패키지 - 과기정통부 R&D: 공개SW 통계패키지 개발 - 심평원 CDM 변환용역 ] --- # R&D: stargarten .large[ 총괄책임자 - with 파이디지털헬스케어, 앤틀러 ] <center> <img src="https://jinseob2kim.github.io/lecture-general/APPFGH2022/statgarten.png " width=80%></a> </center> --- class: center, middle # 의학통계 Tip --- # 연구의 흐름? .large[ - **Table 1**으로 데이터를 보여주고 - **단변량(univariate)** 분석으로 가설검정 - **다변량(multivariate)** or 소그룹(subgroup) 분석: 다른 변수들의 효과를 보정. ] --- class: center, middle # 연속 변수의 그룹 비교 --- # 2그룹: t-test .large[ 2 그룹 **평균** 비교 - 각 그룹의 평균과 표준편차 필요. https://www.evanmiller.org/ab-testing/t-test.html 에서 바로 가능. ] --- <div id="htmlwidget-33b9f85efb83751e3d09" style="width:100%;height:auto;" class="datatables html-widget"></div> <script type="application/json" data-for="htmlwidget-33b9f85efb83751e3d09">{"x":{"filter":"none","vertical":false,"caption":"<caption>data.t: sex and total cholesterol<\/caption>","data":[["person 1","person 2","person 3","person 4","person 5","person 6","person 7","person 8","person 9","person 10","person 11","person 12","person 13","person 14","person 15","person 16","person 17","person 18","person 19","person 20","person 21","person 22","person 23","person 24","person 25","person 26","person 27","person 28","person 29","person 30"],["Male","Male","Female","Female","Male","Male","Female","Female","Female","Male","Male","Female","Male","Male","Female","Male","Female","Female","Male","Male","Female","Female","Male","Female","Male","Male","Male","Male","Male","Male"],[134,145,112,150,169,172,158,96,124,179,186,159,182,180,143,108,152,129,148,88,100,95,115,129,178,200,145,151,131,102]],"container":"<table class=\"display\">\n <thead>\n <tr>\n <th> <\/th>\n <th>sex<\/th>\n <th>tChol<\/th>\n <\/tr>\n <\/thead>\n<\/table>","options":{"columnDefs":[{"className":"dt-right","targets":2},{"orderable":false,"targets":0}],"order":[],"autoWidth":false,"orderClasses":false}},"evals":[],"jsHooks":[]}</script> --- ```r nev.ttest <- t.test(tChol ~ sex, data = data.t, var.equal = F) nev.ttest ``` ``` ## ## Welch Two Sample t-test ## ## data: tChol by sex ## t = -2.1123, df = 27.643, p-value = 0.04383 ## alternative hypothesis: true difference in means between group Female and group Male is not equal to 0 ## 95 percent confidence interval: ## -42.9640545 -0.6470566 ## sample estimates: ## mean in group Female mean in group Male ## 128.9167 150.7222 ``` .large[ 여자의 평균 콜레스테롤 값은 128.9, 남자는 150.7 이고 `\(p\)`-value는 0.044 ] - `var.equal = F`는 등분산 가정 없이 분석하겠다는 뜻. 등분산 가정이란 두 그룹의 분산이 같다고 가정하는 것인데, 계산이 좀 더 쉽다는 이점이 있으나 아무 근거 없이 분산이 같다고 가정하는 것은 위험한 가정이다. --- ```r ev.ttest <- t.test(tChol ~ sex, data = data.t, var.equal = T) ev.ttest ``` ``` ## ## Two Sample t-test ## ## data: tChol by sex ## t = -1.9863, df = 28, p-value = 0.05687 ## alternative hypothesis: true difference in means between group Female and group Male is not equal to 0 ## 95 percent confidence interval: ## -44.2931564 0.6820453 ## sample estimates: ## mean in group Female mean in group Male ## 128.9167 150.7222 ``` 앞서는 **Welch t-test** 였는데 이름이 바뀐 것을 확인할 수 있고 `\(p\)`-value도 0.057로 다름. - 특별한 경우가 아니고서야 위험한 등분산가정을 할 필요가 없음. - **R** 에서 디폴트도 `F` 임. - 2그룹에서 ANOVA 하면 (등분산 가정한) t-test와 동일. : 등분산 가정없는 ANOVA 도 있음. --- <img src="index_files/figure-html/unnamed-chunk-4-1.png" style="display: block; margin: auto;" /> --- <img src="index_files/figure-html/unnamed-chunk-5-1.png" style="display: block; margin: auto;" /> --- <img src="index_files/figure-html/unnamed-chunk-6-1.png" style="display: block; margin: auto;" /> --- # 2그룹: wilcox-test .large[ 정규분포 못믿을때: 2 그룹 **중위값** 비교 - 값 자체가 아닌 순위정보만 이용 - **비모수검정** - **Median [IQR(25%-75% quantile)]** 로 표시 ] -- .large[ - 정규분포 따르는지 아닌지 테스트하는 정규성검정은 불필요. - 임상적으로 판단하는것이 좋다. 키나 몸무게는 정규분포, CRP나 자녀수는 정규분포 안함. ] - [정규분포 참고자료](https://jinseob2kim.github.io/Normal_distribution.html) --- ```r res.wilcox <- wilcox.test(tChol ~ sex, data = data.t) res.wilcox ``` ``` ## ## Wilcoxon rank sum test with continuity correction ## ## data: tChol by sex ## W = 63, p-value = 0.05953 ## alternative hypothesis: true location shift is not equal to 0 ``` --- <img src="index_files/figure-html/unnamed-chunk-8-1.png" style="display: block; margin: auto;" /> --- # 3그룹 이상: 1 way ANOVA .large[ 3 그룹 이상의 평균 비교 - 2그룹씩 짝을 지어서 **t-test**를 반복할 수도 있으나, Table 1은 보통 하나의 `\(P\)`-value만 제시함. - 전체적으로 **튀는 것이 하나라도 있는가?**를 테스트하는 **ANOVA**. - 어떤 그룹이 차이나는지는 관심없음. ] -- - 사후(post-hoc) 분석을 이용, 어떤 것이 튀는지를 알아볼 수도 있다. - 보통 우리가 쓰는 **ANOVA**는 비교할 모든 그룹에서 분산이 같다는 등분산 가정 하에 분석을 수행하며, 실제로 2 그룹일 때 **ANOVA**를 수행하면 등분산 가정 하에 수행한 **t-test**와 동일한 결과를 얻는다. 물론 등분산 가정없는 generalized ANOVA 도 있고 본사는 이것을 디폴트로 사용한다. --- <div id="htmlwidget-795da7ea235650cacd78" style="width:100%;height:auto;" class="datatables html-widget"></div> <script type="application/json" data-for="htmlwidget-795da7ea235650cacd78">{"x":{"filter":"none","vertical":false,"caption":"<caption>data.t: group and total cholesterol<\/caption>","data":[["person 1","person 2","person 3","person 4","person 5","person 6","person 7","person 8","person 9","person 10","person 11","person 12","person 13","person 14","person 15","person 16","person 17","person 18","person 19","person 20","person 21","person 22","person 23","person 24","person 25","person 26","person 27","person 28","person 29","person 30"],["C","C","C","B","C","B","B","B","C","A","B","B","A","B","C","A","C","C","A","A","A","A","C","B","C","B","A","B","C","B"],[148,126,128,144,140,117,147,182,146,115,125,171,140,111,132,146,177,145,160,53,127,159,113,163,174,145,187,122,162,162]],"container":"<table class=\"display\">\n <thead>\n <tr>\n <th> <\/th>\n <th>group<\/th>\n <th>tChol<\/th>\n <\/tr>\n <\/thead>\n<\/table>","options":{"columnDefs":[{"className":"dt-right","targets":2},{"orderable":false,"targets":0}],"order":[],"autoWidth":false,"orderClasses":false}},"evals":[],"jsHooks":[]}</script> --- ```r res.aov1 <- oneway.test(tChol ~ group, data = data.aov, var.equal = F) res.aov1 ``` ``` ## ## One-way analysis of means (not assuming equal variances) ## ## data: tChol and group ## F = 0.16299, num df = 2.000, denom df = 14.992, p-value = 0.8511 ``` ```r res.aov2 <- oneway.test(tChol ~ group, data = data.aov, var.equal = T) res.aov2 ``` ``` ## ## One-way analysis of means ## ## data: tChol and group ## F = 0.28648, num df = 2, denom df = 27, p-value = 0.7532 ``` .large[ > 등분산 가정없는 `\(p\)`-value인 0.851를 이용하며, 의미는 "**3 그룹에서 총콜레스테롤 값이 비슷하다**(다른 것이 있다고 할 수 없다)" 이다. ] --- <img src="index_files/figure-html/unnamed-chunk-11-1.png" style="display: block; margin: auto;" /> --- <img src="index_files/figure-html/unnamed-chunk-12-1.png" style="display: block; margin: auto;" /> --- # 3그룹이상: Kruskal–Wallis ANOVA .large[ 정규분포 못믿을때: 3 그룹 **중위값** 비교 - 값 자체가 아닌 순위정보만 이용 - **비모수검정** - **Median [IQR(25%-75% quantile)]** 로 표시 ] --- ```r res.kruskal <- kruskal.test(tChol ~ group, data = data.aov) res.kruskal ``` ``` ## ## Kruskal-Wallis rank sum test ## ## data: tChol by group ## Kruskal-Wallis chi-squared = 0.11726, df = 2, p-value = 0.9431 ``` .large[ > `\(p\)`-value는 0.943. ] --- <img src="index_files/figure-html/unnamed-chunk-14-1.png" style="display: block; margin: auto;" /> --- class: center, middle # 범주형 변수의 그룹 비교 ### 그룹 수나 정규분포를 고려할 필요가 없어 연속 변수일 때보다 훨씬 간단하며 딱 하나, **샘플 수**가 충분한지만 확인하면 된다. --- # 샘플 수 충분: Chi-square test .large[ **Chi-square test**는 두 범주형 변수가 관계가 있는지 없는지를 파악하는 테스트. ] - 세 범주형 변수일 때도 이용할 수 있으나 본 강의에서는 생략한다. --- <div id="htmlwidget-247bd54cb8174758cc80" style="width:100%;height:auto;" class="datatables html-widget"></div> <script type="application/json" data-for="htmlwidget-247bd54cb8174758cc80">{"x":{"filter":"none","vertical":false,"caption":"<caption>data.chi: HTN & DM medication<\/caption>","data":[["person 1","person 2","person 3","person 4","person 5","person 6","person 7","person 8","person 9","person 10","person 11","person 12","person 13","person 14","person 15","person 16","person 17","person 18","person 19","person 20","person 21","person 22","person 23","person 24","person 25","person 26","person 27","person 28","person 29","person 30","person 31","person 32","person 33","person 34","person 35","person 36","person 37","person 38","person 39","person 40","person 41","person 42","person 43","person 44","person 45","person 46","person 47","person 48","person 49","person 50"],[1,0,0,0,1,1,0,0,0,0,0,0,0,1,1,0,1,0,0,0,1,0,0,0,0,1,1,0,0,1,0,1,0,0,0,1,1,0,0,1,1,1,1,1,0,1,1,1,0,1],[0,0,1,1,0,0,0,0,1,1,0,0,1,1,0,1,0,0,0,0,1,0,1,0,0,0,0,0,1,0,0,1,1,0,0,1,1,1,1,0,1,1,0,0,1,0,0,1,1,0]],"container":"<table class=\"display\">\n <thead>\n <tr>\n <th> <\/th>\n <th>HTN_medi<\/th>\n <th>DM_medi<\/th>\n <\/tr>\n <\/thead>\n<\/table>","options":{"columnDefs":[{"className":"dt-right","targets":[1,2]},{"orderable":false,"targets":0}],"order":[],"autoWidth":false,"orderClasses":false}},"evals":[],"jsHooks":[]}</script> --- ```r tb.chi <- table(data.chi) tb.chi ``` ``` ## DM_medi ## HTN_medi 0 1 ## 0 15 13 ## 1 14 8 ``` 언뜻 봐서는 관계가 있는지 아닌지 잘 모르겠다. **Chi-square test**를 해보자. -- ```r res.chi <- chisq.test(tb.chi) res.chi ``` ``` ## ## Pearson's Chi-squared test with Yates' continuity correction ## ## data: tb.chi ## X-squared = 0.18246, df = 1, p-value = 0.6693 ``` > `\(p\)`-value는 0.669, **혈압약 복용과 당뇨약 복용은 유의한 관계가 없다**고 말할 수 있다. --- # 샘플 수 부족: Fisher's exact test .large[ 분석할 테이블에서 **샘플 수가 너무 작은 항이 있으면** **chi-square test** 가 부정확해진다. 이 때는 **fisher's exact test**를 쓴다. - 현 상황보다 더 극한 상황이 나올 확률을 [직접 계산](https://techntalk.tistory.com/entry/%ED%94%BC%EC%85%94%EC%9D%98-%EC%A0%95%ED%99%95%EB%8F%84-%EA%B2%80%EC%A0%95Fishers-Exact-Probability-Test)함. ] --- <div id="htmlwidget-7961176f36c5eb82ecd8" style="width:100%;height:auto;" class="datatables html-widget"></div> <script type="application/json" data-for="htmlwidget-7961176f36c5eb82ecd8">{"x":{"filter":"none","vertical":false,"caption":"<caption>data.fisher: HTN & DM medication<\/caption>","data":[["person 1","person 2","person 3","person 4","person 5","person 6","person 7","person 8","person 9","person 10","person 11","person 12","person 13","person 14","person 15","person 16","person 17","person 18","person 19","person 20","person 21","person 22","person 23","person 24","person 25","person 26","person 27","person 28","person 29","person 30","person 31","person 32","person 33","person 34","person 35","person 36","person 37","person 38","person 39","person 40","person 41","person 42","person 43","person 44","person 45","person 46","person 47","person 48","person 49","person 50"],[1,0,0,0,1,1,0,0,0,0,0,0,0,0,1,0,0,0,0,0,1,0,0,0,0,1,0,0,0,1,0,0,0,0,0,1,0,0,0,0,0,1,0,0,0,0,1,0,0,1],[0,0,0,1,0,0,0,0,1,0,0,0,0,1,0,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,1,0,0,0,0,0,0,1,1,1,1,0,0,1,0,0,0,0,0,0,0,0]],"container":"<table class=\"display\">\n <thead>\n <tr>\n <th> <\/th>\n <th>HTN_medi<\/th>\n <th>DM_medi<\/th>\n <\/tr>\n <\/thead>\n<\/table>","options":{"columnDefs":[{"className":"dt-right","targets":[1,2]},{"orderable":false,"targets":0}],"order":[],"autoWidth":false,"orderClasses":false}},"evals":[],"jsHooks":[]}</script> --- 아까와 마찬가지로 테이블로 두 약물 복용상태를 비교하면 아래와 같다. ```r tb.fisher <- table(data.fisher) tb.fisher ``` ``` ## DM_medi ## HTN_medi 0 1 ## 0 31 8 ## 1 9 2 ``` -- 혈압약과 당뇨약을 모두 복용한 사람이 2명으로 좀 작아보이지만 무시하고 **chi-square test**를 수행하면 결과는 나오나 `Warning` 메시지가 뜬다. ```r chisq.test(tb.fisher) ``` ``` ## Warning in chisq.test(tb.fisher): Chi-squared approximation may be incorrect ``` ``` ## ## Pearson's Chi-squared test with Yates' continuity correction ## ## data: tb.fisher ## X-squared = 4.5971e-31, df = 1, p-value = 1 ``` **두 약을 모두 복용한 사람이 2명뿐**, 분석할 테이블에서 샘플 수가 너무 작은 항이 있으면 **chi-square test**의 계산이 부정확해진다. --- **fisher's exact test** 를 해 보자. ```r res.fisher <- fisher.test(tb.fisher) res.fisher ``` ``` ## ## Fisher's Exact Test for Count Data ## ## data: tb.fisher ## p-value = 1 ## alternative hypothesis: true odds ratio is not equal to 1 ## 95 percent confidence interval: ## 0.07627205 5.55561549 ## sample estimates: ## odds ratio ## 0.8636115 ``` .large[ > `\(p\)`-value는 1, 마찬가지로 혈압약 복용과 당뇨약 복용은 유의한 관계가 없다고 할 수 있다. ] -- 의문: **무조건 fisher's test만 하면 간단한데** **chi-square test**는 왜 하나? - 샘플 수가 작을 때는 **fisher's test**만 하는 것이 실제로 더 간단하고 방법론적으로도 아무 문제가 없다. 그러나 샘플 수나 그룹 수가 늘어날수록 **fisher's test**는 계산량이 급격하게 증가한다. **chi-square test**를 먼저 수행하는 것을 권유한다. --- class: center, middle # 연속변수의 짝지은 그룹비교 ### Paired t-test --- # 2그룹 : Paired t-test 각 사람의 혈압을 한 번은 사람이 직접, 한 번은 자동혈압계로 측정했다고 하자. 이 때 직접 잰 혈압과 자동혈압계의 측정값을 비교한다면 **t-test**로 충분할까? - t-test는 혈압 재는 방법마다 **평균을 먼저 구한 후** 그것이 같은지를 테스트하므로 **짝지은 정보를 활용하지 못한다.** - 각 사람마다 두 혈압값의 **차이를 먼저 구한 후** 평균이 0인지를 테스트하면, **짝지은 정보를 활용**하면서 계산도 더 간단한 방법이 된다. -- .large[ - **차이값을 먼저 구한 후** 그 평균이 0인지를 테스트하는 방법이 **paired t-test** ] --- <div id="htmlwidget-a8eade3bffec55b5e01c" style="width:100%;height:auto;" class="datatables html-widget"></div> <script type="application/json" data-for="htmlwidget-a8eade3bffec55b5e01c">{"x":{"filter":"none","vertical":false,"caption":"<caption>data.pt: systolic blood pressure measured by hand & machine<\/caption>","data":[["person 1","person 2","person 3","person 4","person 5","person 6","person 7","person 8","person 9","person 10","person 11","person 12","person 13","person 14","person 15","person 16","person 17","person 18","person 19","person 20","person 21","person 22","person 23","person 24","person 25","person 26","person 27","person 28","person 29","person 30"],[128,128,120,119,124,130,127,131,127,120,119,131,129,129,125,129,126,132,123,111,125,125,119,112,129,126,125,128,125,128],[128,119,119,126,118,124,128,129,117,130,123,128,128,133,127,126,127,119,122,125,124,127,128,126,127,123,129,123,142,123]],"container":"<table class=\"display\">\n <thead>\n <tr>\n <th> <\/th>\n <th>SBP_hand<\/th>\n <th>SBP_machine<\/th>\n <\/tr>\n <\/thead>\n<\/table>","options":{"columnDefs":[{"className":"dt-right","targets":[1,2]},{"orderable":false,"targets":0}],"order":[],"autoWidth":false,"orderClasses":false}},"evals":[],"jsHooks":[]}</script> --- 그냥 t-test 로 비교해보자. ```r pt.ttest <- t.test(data.pt$SBP_hand, data.pt$SBP_machine) pt.ttest ``` ``` ## ## Welch Two Sample t-test ## ## data: data.pt$SBP_hand and data.pt$SBP_machine ## t = -0.45768, df = 57.863, p-value = 0.6489 ## alternative hypothesis: true difference in means is not equal to 0 ## 95 percent confidence interval: ## -3.224307 2.024307 ## sample estimates: ## mean of x mean of y ## 125.0 125.6 ``` 각 방법의 **평균을 먼저 구한 후 차이를 비교** 했고, `\(p\)`-value는 0.649이다. 이제 **paired t-test**를 수행하자. --- ```r pt.ttest.pair <- t.test(data.pt$SBP_hand, data.pt$SBP_machine, paired = TRUE) pt.ttest.pair ``` ``` ## ## Paired t-test ## ## data: data.pt$SBP_hand and data.pt$SBP_machine ## t = -0.46171, df = 29, p-value = 0.6477 ## alternative hypothesis: true mean difference is not equal to 0 ## 95 percent confidence interval: ## -3.257804 2.057804 ## sample estimates: ## mean difference ## -0.6 ``` 이번에는 **사람마다 차이값을 먼저 구한 후 그것이 0인지 테스트** 했고, `\(p\)`-value는 0.648이다. --- <img src="index_files/figure-html/unnamed-chunk-25-1.png" style="display: block; margin: auto;" /> --- **Paired t-test**의 비모수버전은 **wilcoxon-signed rank test** 이며 아래와 같이 실행한다. ```r pt.wilcox.pair <- wilcox.test(data.pt$SBP_hand, data.pt$SBP_machine, paired = T) pt.wilcox.pair ``` ``` ## ## Wilcoxon signed rank test with continuity correction ## ## data: data.pt$SBP_hand and data.pt$SBP_machine ## V = 214, p-value = 0.9482 ## alternative hypothesis: true location shift is not equal to 0 ``` - 본 강의에서는 다루지 않겠지만 짝지은 3개 이상의 그룹은 [**repeated measure ANOVA**](https://statistics.laerd.com/statistical-guides/repeated-measures-anova-statistical-guide.php) 를 이용한다. --- <img src="index_files/figure-html/unnamed-chunk-27-1.png" style="display: block; margin: auto;" /> --- class: center, middle # 범주형 변수의 짝지은 그룹비교 ### Mcnemar test, Symmetry test for a paired contingency table --- # 2그룹: Mcnemar test .large[ 약 복용 전후로 복통증상 발생에 차이가 있는지 알아본다고 하자. ] --- <div id="htmlwidget-506474a1300ee3ef135e" style="width:100%;height:auto;" class="datatables html-widget"></div> <script type="application/json" data-for="htmlwidget-506474a1300ee3ef135e">{"x":{"filter":"none","vertical":false,"caption":"<caption>data.mc: Abdominal pain - before & after<\/caption>","data":[["person 1","person 2","person 3","person 4","person 5","person 6","person 7","person 8","person 9","person 10","person 11","person 12","person 13","person 14","person 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1, p-value = 0.6756 ``` 이것은 약 복용 전 복통 증상과 복용 후의 복통 증상이 얼마나 관계가 있는지 알아보는 테스트로 **짝지은 정보를 활용하지 않는다**. --- 짝지은 정보를 활용하는 **mcnemar test**를 수행하자. ```r mc.mcnemar <- mcnemar.test(table.mc) mc.mcnemar ``` ``` ## ## McNemar's Chi-squared test with continuity correction ## ## data: table.mc ## McNemar's chi-squared = 0, df = 1, p-value = 1 ``` .large[ > **Mcnemar test**는 약 복용후 증상발생이 달라진 사람 즉, **discordant pair**만 분석에 이용한다. 따라서 **condordant pair** 가 어떻든지 통계결과는 동일하게 나온다. ] --- # 3그룹: symmetry test .large[ Symmetry test for a paired contingency table* - Mcnemar test의 일반화, 3그룹 이상에서도 가능. ] http://rcompanion.org/handbook/H_05.html ``` ## Yes.after No.after Maybe.after ## Yes.before 6 0 1 ## No.before 5 3 7 ## Maybe.before 11 1 12 ``` --- `nominalSymmetryTest` 함수를 쓴다. ```r ## Symmetry test nominalSymmetryTest(AndersonRainGarden) ``` ``` ## $Global.test.for.symmetry ## Dimensions p.value ## 1 3 x 3 0.000476 ## ## $Pairwise.symmetry.tests ## Comparison p.value p.adjust ## 1 Yes.before/Yes.after : No.before/No.after 0.0736 0.0771 ## 2 Yes.before/Yes.after : Maybe.before/Maybe.after 0.00937 0.0281 ## 3 No.before/No.after : Maybe.before/Maybe.after 0.0771 0.0771 ## ## $p.adjustment ## Method ## 1 fdr ## ## $statistical.method ## Method ## 1 McNemar test ``` --- class: center, middle # 회귀분석 --- # Example data <div data-pagedtable="false"> <script data-pagedtable-source type="application/json"> 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</script> </div> --- class: center, middle # Linear regression ### Continuous --- # Simple <img src="https://nextjournal.com/data/QmfPuPp4V74FyvTTojMj6ix9T8Skj1ji4GhX5Pr6zK8w4N?filename=linear-regression.png&content-type=image/png" style="display: block; margin: auto;" /> .large[ `$$Y = \beta_0 + \beta_1 X + \epsilon$$` ] - 오차제곱합을 최소로하는 `\(\beta_0, \beta_1\)` 구한다. - `\(Y\)` 정규분포하는 연속변수, `\(X\)` 는 연속, 범주형 다 가능 + `\(X\)` 연속변수일 땐 **상관분석** 과 동일 + `\(X\)` 2범주일 땐 **`t.test` with 등분산** 과 동일 --- ``` ## ## Pearson's product-moment correlation ## ## data: colon$age and colon$nodes ## t = -3.9764, df = 1820, p-value = 7.27e-05 ## alternative hypothesis: true correlation is not equal to 0 ## 95 percent confidence interval: ## -0.13814000 -0.04708427 ## sample estimates: ## cor ## -0.09280617 ``` ``` ## Estimate Std. Error t value Pr(>|t|) ## (Intercept) 5.32723156 0.427552697 12.459824 2.956833e-34 ## age -0.02789555 0.007015264 -3.976408 7.270148e-05 ``` ``` ## Estimate Std. Error t value Pr(>|t|) ## (Intercept) 60.9071356 0.39701148 153.414040 0.000000e+00 ## nodes -0.3087584 0.07764757 -3.976408 7.270148e-05 ``` --- ``` ## ## Two Sample t-test ## ## data: time by sex ## t = -0.3168, df = 1856, p-value = 0.7514 ## alternative hypothesis: true difference in means between group 0 and group 1 is not equal to 0 ## 95 percent confidence interval: ## -100.17776 72.31502 ## sample estimates: ## mean in group 0 mean in group 1 ## 1530.288 1544.219 ``` ``` ## Estimate Std. Error t value Pr(>|t|) ## (Intercept) 1530.28764 31.74127 48.2112869 0.0000000 ## sex 13.93137 43.97537 0.3167993 0.7514315 ``` --- # 3범주 이상? **rx**: 치료법 3개 ``` ## [1] "Obs" "Lev" "Lev+5FU" ``` **더미변수로** 자동으로 바뀐 후 회귀식에 포함. 실제로는 변수 2개가 들어감 ``` ## (Intercept) rxLev rxLev+5FU ## 1853 1 1 0 ## 1854 1 1 0 ## 1855 1 0 1 ## 1856 1 0 1 ## 1857 1 1 0 ## 1858 1 1 0 ``` 둘다 0 이면 **Obs** (reference) --- ``` ## Estimate Std. Error t value Pr(>|t|) ## (Intercept) 1440.6111 37.42375 38.4945678 8.711506e-239 ## rxLev 24.6647 53.13816 0.4641617 6.425864e-01 ## rxLev+5FU 271.0731 53.40179 5.0761048 4.238367e-07 ``` **Obs와 Lev+5FU** 군이 유의한 차이가 있음. **ANOVA** 형태로도 볼 수 있다 (등분산 가정). ``` ## Analysis of Variance Table ## ## Response: time ## Df Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F) ## rx 2 27595026 13797513 15.637 1.842e-07 *** ## Residuals 1855 1636737705 882338 ## --- ## Signif. codes: 0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1 ' ' 1 ``` ANOVA p-value 는 **rx 중 튀는 것이 있는지?** 를 통합평가. --- # Multiple 여러 변수들을 포함 .large[ `$$Y = \beta_0 + \beta_1 X_{1} + \beta_2 X_{2} + \cdots + \epsilon$$` ] - `\(\beta_1\)` 해석: `\(X_2, X_3 \cdots\)` 를 보정한다면, `\(X_1\)` 이 1 증가할 때 `\(Y\)` 가 `\(\beta_1\)` 만큼 증가한다. -- ``` ## Estimate Std. Error t value Pr(>|t|) ## (Intercept) 1401.4334258 116.709129 12.0079160 4.827648e-32 ## sex 32.6748091 43.816406 0.7457209 4.559306e-01 ## age 0.3693375 1.826293 0.2022334 8.397564e-01 ## rxLev 22.9841697 53.205804 0.4319861 6.658017e-01 ## rxLev+5FU 273.0460010 53.495937 5.1040512 3.665397e-07 ``` .large[ 논문용 테이블은 **보정 전후 결과를 같이** 보여주는 것이 대세 ] --- <div id="htmlwidget-dc26188c5302d6a0366d" style="width:100%;height:auto;" class="datatables html-widget"></div> <script type="application/json" data-for="htmlwidget-dc26188c5302d6a0366d">{"x":{"filter":"none","vertical":false,"caption":"<caption>Linear regression predicting time\n<\/caption>","data":[["sex","age","rx: ref.=Obs"," Lev"," Lev+5FU","","No. of observations","R-squared","AIC value"],["13.93 (-72.26,100.12)","0.38 (-3.22,3.99)",null,"24.66 (-79.49,128.82)","271.07 (166.41,375.74)","","1858","0.0169","30717.803"],["0.751","0.835",null,"0.643","< 0.001","","","",""],["32.67 (-53.21,118.55)","0.37 (-3.21,3.95)",null,"22.98 (-81.3,127.27)","273.05 (168.19,377.9)","","","",""],["0.456","0.84",null,"0.666","< 0.001","","","",""],["","",null,"","**",null,null,null,null]],"container":"<table class=\"display\">\n <thead>\n <tr>\n <th> <\/th>\n <th>crude coeff.(95%CI)<\/th>\n <th>crude P value<\/th>\n <th>adj. coeff.(95%CI)<\/th>\n <th>adj. P value<\/th>\n <th>sig<\/th>\n <\/tr>\n <\/thead>\n<\/table>","options":{"columnDefs":[{"visible":false,"targets":5},{"orderable":false,"targets":0}],"scrollX":true,"order":[],"autoWidth":false,"orderClasses":false,"rowCallback":"function(row, data, displayNum, displayIndex, dataIndex) {\nvar value=data[5]; $(row).css({'background-color':value == \"**\" ? \"yellow\" : null});\n}"}},"evals":["options.rowCallback"],"jsHooks":[]}</script> --- class: center, middle # Logistic regression ### 0/1 --- <img src="https://static.javatpoint.com/tutorial/machine-learning/images/linear-regression-vs-logistic-regression.png" style="display: block; margin: auto;" /> .large[ $$ P(Y = 1) = \frac{\exp{(X)}}{1 + \exp{(X)}}$$ ] --- # Odds Ratio .large[ $$ `\begin{aligned} P(Y = 1) &= \frac{\exp{(\beta_0 + \beta_1 X_1 + \beta_2 X_2 + \cdots)}}{1 + \exp{(\beta_0 + \beta_1 X_1 + \beta_2 X_2 + \cdots)}} \\\\ \ln(\frac{p}{1-p}) &= \beta_0 + \beta_1 X_1 + \beta_2 X_2 + \cdots \end{aligned}` $$ ] -- .large[ `\(\beta_1\)` 해석: `\(X_2, X_3 \cdots\)` 들 보정한다면, `\(X_1\)`이 1 증가할 때, `\(\ln(\frac{p}{1-p})\)` 가 `\(\beta_1\)` 만큼 증가한다. > `\(\frac{p}{1-p}\)` 가 `\(\exp(\beta_1)\)` 배 증가한다. 즉 Odd Ratio = `\(\exp(\beta_1)\)` ] --- ``` ## ## Call: ## glm(formula = status ~ sex + age + rx, family = binomial, data = colon) ## ## Deviance Residuals: ## Min 1Q Median 3Q Max ## -1.3437 -1.2266 -0.9695 1.1204 1.4098 ## ## Coefficients: ## Estimate Std. Error z value Pr(>|z|) ## (Intercept) 0.473577 0.251085 1.886 0.0593 . ## sex -0.070481 0.094215 -0.748 0.4544 ## age -0.004124 0.003927 -1.050 0.2936 ## rxLev -0.036624 0.113707 -0.322 0.7474 ## rxLev+5FU -0.608746 0.115437 -5.273 1.34e-07 *** ## --- ## Signif. codes: 0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1 ' ' 1 ## ## (Dispersion parameter for binomial family taken to be 1) ## ## Null deviance: 2575.6 on 1857 degrees of freedom ## Residual deviance: 2539.4 on 1853 degrees of freedom ## AIC: 2549.4 ## ## Number of Fisher Scoring iterations: 4 ``` --- <div id="htmlwidget-2f00728fb631e767e9b7" style="width:100%;height:auto;" class="datatables html-widget"></div> <script type="application/json" data-for="htmlwidget-2f00728fb631e767e9b7">{"x":{"filter":"none","vertical":false,"caption":"<caption>Logistic regression predicting status\n<\/caption>","data":[["sex","age","rx: ref.=Obs"," Lev"," Lev+5FU","","No. of observations","AIC value"],["0.97 (0.81,1.17)","1 (0.99,1)",null,"0.96 (0.77,1.2)","0.55 (0.44,0.68)","","1858","2549.4309"],["0.758","0.296",null,"0.709","< 0.001","","",""],["0.93 (0.77,1.12)","1 (0.99,1)",null,"0.96 (0.77,1.2)","0.54 (0.43,0.68)","","",""],["0.454","0.294",null,"0.747","< 0.001","","",""],["","",null,"","**",null,null,null]],"container":"<table class=\"display\">\n <thead>\n <tr>\n <th> <\/th>\n <th>crude OR.(95%CI)<\/th>\n <th>crude P value<\/th>\n <th>adj. OR.(95%CI)<\/th>\n <th>adj. P value<\/th>\n <th>sig<\/th>\n <\/tr>\n <\/thead>\n<\/table>","options":{"columnDefs":[{"visible":false,"targets":5},{"orderable":false,"targets":0}],"scrollX":true,"order":[],"autoWidth":false,"orderClasses":false,"rowCallback":"function(row, data, displayNum, displayIndex, dataIndex) {\nvar value=data[5]; $(row).css({'background-color':value == \"**\" ? \"yellow\" : null});\n}"}},"evals":["options.rowCallback"],"jsHooks":[]}</script> --- # Stepwise selection .large[ - 다변량 포함 기준은 **임상적 중요성 or 단변량 유의성** - Stepwise selection은 임상적 중요성도 무시, 통계학적 논리도 부족 ] --- # Subgroup analysis .large[ **다변량분석보다 더 좋은 증거** ] - 예) 성별 보정 < 성별에 따른 subgroup 분석 .large[ **Interaction 포함한 forest plot** 추천 ] <center> <img src="https://www.researchgate.net/publication/332229730/figure/fig2/AS:744331304521728@1554473820106/Subgroup-analyses-of-the-primary-outcome-The-forest-plot-shows-that-the-difference-in.ppm " width=40%></a> </center> --- class: center, middle # Cox proportional hazard ### Time & Event --- # Time to event data <img src="https://miro.medium.com/max/1440/1*S3lbo8tbgtklE7V-m4EsvQ.jpeg" style="display: block; margin: auto;" /> .large[ 대부분 **Right censored**: XX 일에 사망 or XX 일 까지 생존 ] --- # Time to event 를 하나의 변수로 <div data-pagedtable="false"> <script data-pagedtable-source type="application/json"> 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## 1022 425 1 0.707 0.01853 0.671 0.744 ## 1024 424 1 0.705 0.01856 0.670 0.742 ## 1025 423 1 0.703 0.01860 0.668 0.741 ## 1032 422 1 0.702 0.01863 0.666 0.739 ## 1037 421 1 0.700 0.01866 0.665 0.738 ## 1122 420 1 0.698 0.01869 0.663 0.736 ## 1138 419 1 0.697 0.01872 0.661 0.734 ## 1142 418 1 0.695 0.01874 0.659 0.733 ## 1145 417 1 0.693 0.01877 0.658 0.731 ## 1151 416 1 0.692 0.01880 0.656 0.730 ## 1159 415 1 0.690 0.01883 0.654 0.728 ## 1193 414 1 0.688 0.01886 0.652 0.726 ## 1201 413 1 0.687 0.01889 0.651 0.725 ## 1212 412 1 0.685 0.01891 0.649 0.723 ## 1233 411 1 0.683 0.01894 0.647 0.722 ## 1246 410 1 0.682 0.01897 0.646 0.720 ## 1273 409 1 0.680 0.01900 0.644 0.718 ## 1276 408 2 0.677 0.01905 0.640 0.715 ## 1277 406 1 0.675 0.01907 0.639 0.714 ## 1279 405 1 0.673 0.01910 0.637 0.712 ## 1302 402 1 0.672 0.01913 0.635 0.710 ## 1306 401 1 0.670 0.01915 0.634 0.709 ## 1329 400 1 0.668 0.01918 0.632 0.707 ## 1365 399 1 0.667 0.01920 0.630 0.705 ## 1387 398 1 0.665 0.01923 0.628 0.704 ## 1388 397 1 0.663 0.01925 0.627 0.702 ## 1424 394 1 0.662 0.01927 0.625 0.701 ## 1439 393 1 0.660 0.01930 0.623 0.699 ## 1446 392 1 0.658 0.01932 0.622 0.697 ## 1488 389 1 0.657 0.01935 0.620 0.696 ## 1495 388 1 0.655 0.01937 0.618 0.694 ## 1511 387 1 0.653 0.01940 0.616 0.692 ## 1521 386 1 0.652 0.01942 0.615 0.691 ## 1550 385 1 0.650 0.01944 0.613 0.689 ## 1607 383 1 0.648 0.01947 0.611 0.688 ## 1620 381 1 0.647 0.01949 0.609 0.686 ## 1637 380 1 0.645 0.01951 0.608 0.684 ## 1644 379 1 0.643 0.01953 0.606 0.683 ## 1668 378 2 0.640 0.01958 0.602 0.679 ## 1671 376 1 0.638 0.01960 0.601 0.678 ## 1723 375 1 0.636 0.01962 0.599 0.676 ## 1743 374 1 0.635 0.01964 0.597 0.674 ## 1752 373 1 0.633 0.01966 0.596 0.673 ## 1767 372 1 0.631 0.01968 0.594 0.671 ## 1783 371 1 0.629 0.01970 0.592 0.669 ## 1786 370 1 0.628 0.01972 0.590 0.668 ## 1798 369 1 0.626 0.01974 0.589 0.666 ## 1812 366 1 0.624 0.01976 0.587 0.664 ## 1831 357 1 0.623 0.01979 0.585 0.663 ## 1856 353 1 0.621 0.01981 0.583 0.661 ## 1876 347 1 0.619 0.01983 0.581 0.659 ## 1995 331 1 0.617 0.01986 0.579 0.657 ## 2021 322 1 0.615 0.01989 0.578 0.656 ## 2028 319 1 0.613 0.01992 0.576 0.654 ## 2031 316 1 0.611 0.01995 0.574 0.652 ## 2052 309 1 0.609 0.01999 0.572 0.650 ## 2074 299 1 0.607 0.02002 0.569 0.648 ## 2127 279 1 0.605 0.02007 0.567 0.646 ## 2174 261 1 0.603 0.02013 0.565 0.644 ## 2197 243 1 0.600 0.02020 0.562 0.641 ## 2318 194 1 0.597 0.02033 0.559 0.639 ## 2482 139 1 0.593 0.02063 0.554 0.635 ## 2542 103 1 0.587 0.02122 0.547 0.630 ## 2725 68 1 0.579 0.02260 0.536 0.625 ``` --- # Logrank test 구간별로 예상/기대 발생 수 계산 후 합쳐서 카이제곱검정 ``` ## Call: ## survdiff(formula = Surv(time, status) ~ rx, data = colon) ## ## N Observed Expected (O-E)^2/E (O-E)^2/V ## rx=Obs 630 345 299 7.01 10.40 ## rx=Lev 620 333 295 4.93 7.26 ## rx=Lev+5FU 608 242 326 21.61 33.54 ## ## Chisq= 33.6 on 2 degrees of freedom, p= 5e-08 ``` 각 구간들의 결과를 합친다? - 구간별 **발생 양상이 비슷**하다는 가정 (**비례위험(proportional hazards) 가정**) --- # Cox model .large[ Hazard function: `\(h(t)\)` - `\(t\)` 까진 생존하고 `\(t\)` 직후에 사망할 가능성 Cox model: **Hazard Ratio(HR)** 을 평가 $$ `\begin{aligned} h(t) &= \exp({\beta_0 + \beta_1 X_1 + \beta_2 X_2 + \cdots}) \\\\ &= h_0(t) \exp({\beta_1 X_1 + \beta_2 X_2 + \cdots}) \end{aligned}` $$ `\(X_1\)` 1 증가할 때 `\(h(t)\)` 는 `\(\exp(\beta_1)\)` 배 증가. 즉 `$$\text{HR} = \exp{(\beta_1)}$$` ] --- # 특징 .large[ Kaplan-meier 와 마찬가지로 구간별로 통계량을 계산. - 구간별 양상 비슷하다는 **비례위험가정** **Time independent HR**: 시간은 `\(h_0(t)\)` 에만. - 모형이 심플: HR 값이 시간에 상관없이 일정함 - Time dependent cox 도 가능. `\(h_0(t)\)` 는 구하지 않는다. 계산 간단해지는 장점 - Cox 가 준모수(semi-parametric) 방법이라고 불리는 이유 - 예측모형 만들땐 문제. `\(h_0(t)\)` 를 따로 얻어야 함. ] --- ``` ## Call: ## coxph(formula = Surv(time, status) ~ sex + age + rx, data = colon) ## ## n= 1858, number of events= 920 ## ## coef exp(coef) se(coef) z Pr(>|z|) ## sex -0.050352 0.950894 0.066079 -0.762 0.446 ## age -0.002034 0.997968 0.002805 -0.725 0.468 ## rxLev -0.018333 0.981834 0.076871 -0.238 0.811 ## rxLev+5FU -0.440908 0.643452 0.083961 -5.251 1.51e-07 *** ## --- ## Signif. codes: 0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1 ' ' 1 ## ## exp(coef) exp(-coef) lower .95 upper .95 ## sex 0.9509 1.052 0.8354 1.0824 ## age 0.9980 1.002 0.9925 1.0035 ## rxLev 0.9818 1.019 0.8445 1.1415 ## rxLev+5FU 0.6435 1.554 0.5458 0.7585 ## ## Concordance= 0.548 (se = 0.01 ) ## Likelihood ratio test= 36.35 on 4 df, p=2e-07 ## Wald test = 34.24 on 4 df, p=7e-07 ## Score (logrank) test = 34.75 on 4 df, p=5e-07 ``` --- <div id="htmlwidget-37f486c70a5e491a7a65" style="width:100%;height:auto;" class="datatables html-widget"></div> <script type="application/json" data-for="htmlwidget-37f486c70a5e491a7a65">{"x":{"filter":"none","vertical":false,"caption":"<caption>Cox model on time ('time') to event ('status')<\/caption>","data":[["sex","age","rx: ref.=Obs"," Lev"," Lev+5FU",null,"No. of observations","No. of events"],["0.97 (0.85,1.1)","1 (0.99,1)",null,"0.98 (0.84,1.14)","0.64 (0.55,0.76)",null,"1858","920"],["0.61","0.382",null,"0.786","< 0.001",null,null,null],["0.95 (0.84,1.08)","1 (0.99,1)",null,"0.98 (0.84,1.14)","0.64 (0.55,0.76)",null,null,null],["0.446","0.468",null,"0.811","< 0.001",null,null,null],[null,null,null,null,"**",null,null,null]],"container":"<table class=\"display\">\n <thead>\n <tr>\n <th> <\/th>\n <th>crude HR(95%CI)<\/th>\n <th>crude P value<\/th>\n <th>adj. HR(95%CI)<\/th>\n <th>adj. 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</script> </div> --- # Time-dependet cox ``` ## Call: ## coxph(formula = Surv(tstart, time, status) ~ trt + prior + karno:strata(tgroup), ## data = vet2) ## ## n= 225, number of events= 128 ## ## coef exp(coef) se(coef) z Pr(>|z|) ## trt -0.011025 0.989035 0.189062 -0.058 0.953 ## prior -0.006107 0.993912 0.020355 -0.300 0.764 ## karno:strata(tgroup)tgroup=1 -0.048755 0.952414 0.006222 -7.836 4.64e-15 *** ## karno:strata(tgroup)tgroup=2 0.008050 1.008083 0.012823 0.628 0.530 ## karno:strata(tgroup)tgroup=3 -0.008349 0.991686 0.014620 -0.571 0.568 ## --- ## Signif. codes: 0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1 ' ' 1 ## ## exp(coef) exp(-coef) lower .95 upper .95 ## trt 0.9890 1.011 0.6828 1.4327 ## prior 0.9939 1.006 0.9550 1.0344 ## karno:strata(tgroup)tgroup=1 0.9524 1.050 0.9409 0.9641 ## karno:strata(tgroup)tgroup=2 1.0081 0.992 0.9831 1.0337 ## karno:strata(tgroup)tgroup=3 0.9917 1.008 0.9637 1.0205 ## ## Concordance= 0.725 (se = 0.024 ) ## Likelihood ratio test= 63.04 on 5 df, p=3e-12 ## Wald test = 63.7 on 5 df, p=2e-12 ## Score (logrank) test = 71.33 on 5 df, p=5e-14 ``` --- # Time-dependent covariate .large[ 생존분석 **모든 변수는 Index date 이전에 측정**해야 ] - 예) F/U lab, medication .large[ Time-dependent covariate 다루려면 이를 고려한 cox 필요 ] <div data-pagedtable="false"> <script data-pagedtable-source type="application/json"> 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</script> </div> --- class: center, middle # Others --- # PS matching: Stratified cox .large[ Propensity score 매칭 후 **stratified cox 필수 아님** ] - Stratified: 매칭쌍끼리는 **baseline hazard**가 같고, **다른 쌍끼린 다르다**는 가정. - No stratified: baseline hazard **전부 동일**하다는 가정 .large[ 1:1 매칭이면 `\(\dfrac{N}{2}\)` 개나 strata가 생김. 의미 없음 1:다 매칭으로 strata갯수가 적으면 고려할 수도? ] --- # 국민건강영양조사 **2-stage cluster sampling** - **psu(1차집락)**: 서울전체 랜덤 200명(X), 서울 특정 지역 골라서 200명(O) - **kstrata(2차집락)**: 지역과 집의 형태 (아파트/일반주택) - **wt(가중치)**: 인원이 적은데 사회적으로 혹은 학문적으로 배려해야 할 경우 대상자를 조금 많이 모집한 후 가중치를 줄여서 반영, 영양/설문/임상 검사에 따라 가중치종류 다름름 **SAS** surveyreg surveylogistic, **R** svyglm svycox <center> <img src="https://img1.daumcdn.net/thumb/R1280x0/?scode=mtistory2&fname=https%3A%2F%2Fblog.kakaocdn.net%2Fdn%2FxpFlG%2FbtqAyxBZnBG%2FnSjUohAQ00nKktNcEqwEq0%2Fimg.png" width=40%></a> </center> --- # Executive summary **Table 1** - 연속변수 2그룹: 정규분포 **t-test**, 아니면 **Wilcox-test** - 연속변수 3그룹이상: 정규분포 **ANOVA**, 아니면 **Kruskal–Wallis ANOVA** - 범주형 변수: 샘플수 충분하면 **Chisq-test**, 아니면 **Fisher-test** **회귀분석** - **Univariate, multivariate** 같이 보여주기, **Subgroup** 분석 추천 - **Stepwise selection 비추천**: 예측모형 목적 아님, 임상맥락 고려X **생존분석** - Kaplan-meier 그림선 겹치면 안됨: **Time stratification** 필요 - 보정할 변수가 Index time 이후면 안됨: **Time-dependent covariate** 필요 - Propensity score 매칭 후 pair 고려한 **stratified cox 는 필수아님** **국민건강영양조사** - **표본추출정보를 고려**한 통계분석: Survey table1/GLM/Cox --- class: center, middle # END