" />
class: center, middle, inverse, title-slide # 의학연구지원 with R/shiny ## Tidyverse Korea ### 김진섭; <a href="https://github.com/jinseob2kim"><span><i class="fab fa-github faa-float animated "></i>jinseob2kim</span></a> ### 차라투(주) ### 2021-01-13 --- layout: true <div class="my-footer"><span><a href="https://www.zarathu.com">Zarathu Co.,Ltd</a>                             <a href="https://github.com/jinseob2kim">김진섭</a></span></div> --- # Executive summary .large[ - 연구지원법인 [차라투](https://www.zarathu.com) 를 운영, R/shiny 활용해 의학연구를 지원합니다. - 의과대학, 유전체연구 박사과정, 삼성전자 무선사업부를 거치며 임상, 유전체, 모바일헬스 등 다양한 데이터를 다루었습니다. - [Shiny 밋업](https://github.com/shinykorea/Meetup) 의 진행과 후원을 맡아, 의료/축산/게임/반도체/신용평가/IPTV 등 다양한 분야의 사람들과 함께 Shiny 를 알아가는 중입니다. ] --- class: center, middle # 하는일: 의학통계지원 --- # 맞춤형 통계웹  --- # [공개 통계웹](http://app.zarathu.com)  .large[ **수익 0원, 일 방문자 5명..** ] --- # 주요 계약 - 대한심혈관중재학회 [COBIS III 레지스트리](https://clinicaltrials.gov/ct2/show/NCT03068494) 분석: [추가계약](http://pf.kakao.com/_XsuxgC/48388190) - 서울성모병원 [COREA-AMI II 레지스트리](https://clinicaltrials.gov/ct2/show/NCT02806102) 분석: [10개 연구 계약](http://pf.kakao.com/_XsuxgC/48043955) - 삼성서울병원 [공통데이터모델(CDM)](http://www.feedernet.org/html/?pmode=cdmdrn) 분석: [심평원 코로나데이터](https://hira-covid19.net/) 분석 중 - 강동성심병원 CDM 분석지원: 공단표본데이터 분석 중 - 경기도감염병관리지원단 코로나 대시보드 with Shinykorea: [최종보고](https://shinykorea.github.io/corona-activityrecord) - 삼성서울병원 이식외과 육종(sarcoma) 데이터 분석: [5개 연구 계약](http://pf.kakao.com/_XsuxgC/51701089) - 해운대백병원 정신질환 네트워크분석: [논문 5편](http://pf.kakao.com/_XsuxgC/52664370) 게재 - 성균관의대 환경역학연구실 [미세먼지 대시보드](http://pf.kakao.com/_XsuxgC/43627405) - [삼성서울병원 정신과 통계자문계약](http://pf.kakao.com/_XsuxgC/55192190) - [서울대병원 순환기내과 통계자문계약](http://pf.kakao.com/_XsuxgC/55577702) --- # 심혈관중재학회 - 작년 10개 연구 계약, 올해 5개 추가 진행 중  --- # 웹 스크린샷  --- # 공통데이터모델(CDM) - 병원들의 **데이터형태를 통일**하면, 분석코드 하나로 여러 병원의 분석이 가능. - **분석코드가 R** 패키지형태로 만들어지고, **결과는 shiny** 로 보여짐. - 심평원 코로나데이터가 CDM 형태로도 제공되어 삼성서울병원 연구진과 분석 중.  ---  --- [](https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1111/jgh.14983) --- # 코로나 대시보드 .large[ - 경기도감염병관리지원단 의뢰, with Shinykorea 고려사항 - 보안: 로그인, Dropbox/구글시트 접근권한 - 이용자 의견 반영한 색상, 그래프, 테이블 - 경기도 색상과 폰트 적용 - 리포트 다운기능: pdf/word 각각 ] --- # 개발 1: [병상관리 대시보드](https://github.com/shinykorea/corona-sickbed)  --- # 병상관리 대시보드 요약 .large[ https://github.com/shinykorea/corona-sickbed - 목표: 경기도 병원 및 생활치료센터의 가용병상 현황을 보여주는 대시보드를 개발, 중증환자 입원에 대한 긴급대책단의 의사결정을 돕는다. - 정부제공 서버에 배포 중 - 주요 기능: **로그인, Dropbox 연계 엑셀파일 업데이트, 병상현황 그래프/지도, 리포트 다운로드(pdf/word)** ] --- # 개발 2: [확진자 건강관리](https://github.com/shinykorea/corona-triage)  ---  --- # 확진자 건강관리 요약 .large[ https://github.com/shinykorea/corona-triage - 목표: Covid-19 확진자를 중증도에 따라 분류, 의료자원을 고려한 치료 전략에 도움을 준다. - 현재 정부지원 서버에 배포 중 - 주요 기능: **로그인, 구글 시트 연계 엑셀파일 업데이트, 구글 설문지 동기화, 전체 환자/센터별/개인별 상세 정보, 그래프** ] --- # 정신질환 네트워크 분석 - 작년부터 with 해운대백병원 정신과 - [qgraph](http://sachaepskamp.com/qgraph/examples) 패키지 이용, 네트워크분석웹 개발  ---  --- # 미세먼지 대시보드 - 성균관의대 환경역학연구실 의뢰 - 신축아파트에 미세먼지 모듈 제공 가능성 연구 - [RSelenium 으로 긁어온 데이터](https://blog.zarathu.com/posts/2019-11-30-rseleniumtip/) 를 업로드하는 형태  --- # 코로나 예측모형 .large[ 서울시 감염병관리지원단 자문 * 통계적 모델링, 예측을 shiny로 구현 ] --- # 통계자문 계약 .large[ 삼성서울병원 정신과 백지현 교수 * 통계 자문, [삼성서울병원 CDW](http://samsunghospital.com/home/info/newsView.do?seq=7136) 리튬데이터 분석 서울대병원 순환기내과 김효수 교수 * 연구설계/통계 자문, [Lancet 게재](http://www.snuh.org/board/B003/view.do?viewType=true&bbs_no=5252) ] --- class: center, middle # 기타 활동 --- # 프로그램 개발, 블로그 운영 .large[ [R](https://www.r-project.org/) packages - [jstable](https://github.com/jinseob2kim/jstable): 논문용 테이블 만들기 - [jskm](https://github.com/jinseob2kim/jskm): 생존분석 그림 만들기 - [jsmodule](https://github.com/jinseob2kim/jsmodule): 웹에서 하는 통계분석 ] -- .large[ 데이터 분석용 가상머신([docker](https://www.docker.com/) image) - [rshiny](https://github.com/jinseob2kim/docker-rshiny): [Rstudio](https://www.rstudio.com/)와 [shiny server](https://www.rstudio.com/products/shiny/shiny-server/) 가 설치된 이미지. ] -- .large[ [블로그](https://blog.zarathu.com/), 카카오톡 오픈채팅방- 프로그래밍 갤러리 R 유저 모임 ] --- # 40,000 다운로드 <center> <img src="cran.png" width=80%></a> </center> --- # 공부모임: Shiny 밋업 .large[ https://github.com/shinykorea/Meetup - 월 1회 공부내용 공유. 20회 진행 - 의료/유전학/축산/반도체/게임/IPTV/회계 등 다양한 분야 사람들이 모임. - 경기도 코로나 대시보드 공동작업 ] --- # 프로그래밍갤러리 R 유저모임 .large[ 디시인사이드 프로그래밍 갤러리 고정닉 활동: **[조선니체](https://gallog.dcinside.com/jinseob2kim)** 카카오톡 오픈채팅방 운영: 정모 1회 ] <center> <img src="kakao_open.jpg" width=25%></a> </center> --- # 현재 지원받는 정부지원사업 클라우드기반 데이터분석환경 지원사업 - KT 클라우드 바우처 720만원 (연말까지) 인공지능 고성능 컴퓨팅지원 - 램 170기가, GPU 서버 (연말까지) 비대면바우처 - 선정되었으나 아직..(연말까지인데) 회계지원 바우처 - 선정되었으나 포기 (머니핀 이용 직접 회계) -- 초기창업패키지 3번 시도, 전부 서류탈락 --- # Team .large[ 공식적으론 1인기업 - 의대생 2명이 통계보조로 원격근무. ]  --- class: center, middle # 경험 --- # Executive Summary .large[ * 수학만 하다가 얼떨결에 의대 진학. * 예방의학 전공하며 통계, 프로그래밍 공부. * 삼성전자 근무하며 디지털헬스와 창업을 알게 됨. * 통계 이론으로 박사논문 쓰려다 실패, 창업지원사업 선정. * 통계지원 법인 설립. ] --- # 수학올림피아드 수학과만 생각했는데 의대 입학 - 1학기 수시: 올림피아드 전형 -- 의대 적응 못함 - 6년內 면허취득 마지노선 - 인턴 탈락 -- 학원강사 - 본과 2학년말부터 대치 위OO. - 30살까지 수원 프OOOO, 대치 위OO. --- # 예방의학 전공의 - [서울대 보건대학원](http://health.snu.ac.kr/node/104) 예방의학교실 - **임상의학 아님**. 관악캠퍼스 소속으로 타 과와의 연계가 장점. 석사 및 박사 수료 - 서울대 보건대학원 [유전체역학 연구실](http://snugepi.snu.ac.kr/) - 유전체 데이터 분석 방법론 연구. [R](https://www.r-project.org/), [python](https://www.python.org/), 리눅스 이용 시작. 지인 상대로 통계 자문 시작. --- # [삼성전자](http://health.chosun.com/news/dailynews_view.jsp?mn_idx=165897) 박사과정과 응급실 당직 병행 중, 지도교수님 통해 우연히 제의받음. - 2014년 11월 입사 DMC 연구소로 입사 10개월만에 무선사업부로 이동. - 연구소에서는 디지털헬스 선행 기술 개발팀, 사업부에서는 **삼성헬스** 앱 개발팀. <center> <a href="https://newsimg.sedaily.com/2018/08/05/1S38RAKVMO_1.jpg/"><img src="https://newsimg.sedaily.com/2018/08/05/1S38RAKVMO_1.jpg" width=50%></a> </center> --- # 삼성전자에서 만난 의사. .large[ - 중앙의대卒, 진단검사의학 전문의, 現 근무 - 연세의대 03학번, 인턴中 무선사업부 입사, 사내벤처 1호. - 美 소아과 의사, 現 근무 ] --- # 사내벤처 C-lab .large[ 사내 우수 아이디어 선발, 1년 과제 진행後 스핀오프 결정. ] .center[  ] 거북목관리 안경테, 1day 통계지원 서비스로 지원했으나 광탈. --- # [**WELT**](https://www.weltcorp.com/) <div class="figure" style="text-align: center"> <img src="https://encrypted-tbn0.gstatic.com/images?q=tbn:ANd9GcSMwWnFkSB64-AzQn0dC2s6LHYmut4eRPeQBXmuz6xE3lIAnMy2" alt="https://encrypted-tbn0.gstatic.com/images?q=tbn:ANd9GcSMwWnFkSB64-AzQn0dC2s6LHYmut4eRPeQBXmuz6xE3lIAnMy2" width="60%" /> <p class="caption">https://encrypted-tbn0.gstatic.com/images?q=tbn:ANd9GcSMwWnFkSB64-AzQn0dC2s6LHYmut4eRPeQBXmuz6xE3lIAnMy2</p> </div> --- # 퇴사 .large[ 2년차 중반 퇴사 결심. - 한국수력원자력 탈락. - 한국투자파트너스, 스틱인베스트먼트 VC 탈락. 의료 쪽 일을 병행하며 의대 입시컨설팅에 도전하기로 함. ] -- .large[ 의대 입시 컨설팅은 시작도 못함, 박사과정을 마치기로 결정. ] --- # 박사과정 .large[ 물리학에 빠짐. 일반상대성이론과 양자역학에 감명받음. - 이론연구자가 되기로 결심하고 통계이론 논문을 작성. - 해외 논문 게재 실패. 박사 학위도 어려움. - 결국 자체 [블로그](https://blog.zarathu.com/posts/2018-11-08-mdlm/)에 게재. ] --- # 법인설립 연구는 안되는데 창업 공모전은 선정되기 시작. - ['18년 창업선도대학 (예비)창업팀](https://www.k-startup.go.kr/homepage/businessManage/businessManageFunction.do?sid=111&itemSeq=1060): 블록체인 기반 유전체-건강 빅데이터 구축 및 정밀 의학 솔루션. - [심평원, 보험공단 주최 보건의료빅데이터를 활용한 창업아이디어 공모전](http://www.hira.or.kr/bbsDummy.do?brdBltNo=9598&brdScnBltNo=4&pageIndex=1&pgmid=HIRAA020041000100): 맞춤형 의학연구 애플리케이션 -- 창업하기로 결심, 블록체인은 엄두가 나지 않음. - 배운게 도둑질, 원래 하던 통계지원을 하기로 결정하고 1인 법인 설립. - 처음엔 선배, 동기들과 그들의 지인들이 주 고객. - 現, 의대생 2명이 통계보조로 참여. --- # 발표 - 인터뷰, 헬스코리아뉴스: [의사, 진료실 밖에도 할 일 많다](http://health.chosun.com/news/dailynews_view.jsp?mn_idx=165897) - [R User Conference in Korea(RUCK) 2018](http://ruck2018.r-kor.org/): [맞춤형 의학통계웹 개발 환경 구축](https://jinseob2kim.github.io/swarm-setting/RUCK2018_JSKIM) - [R User Conference Korea(RUCK) 2019](http://ruck2019.r-kor.org/): [ShinyApps to CRAN](https://jinseob2kim.github.io/LectureRpackage/RUCK2019/) - CRSCube 발표: [R 활용 연구지원 소개](https://blog.zarathu.com/posts/2019-05-13-rmedicalresearch/) - 제주대학교 경영학과 초청강의: [괴델의 불완전성 정리](https://blog.zarathu.com/posts/2019-05-20-godelincompleteness/) - 을지의대 세미나: [공공 빅데이터 분석 경험](https://blog.zarathu.com/posts/2019-09-19-nhiswithr/) - Shiny 기초학습 워크숍: [서울IT직업전문학교 국비교육](https://blog.zarathu.com/posts/2019-10-26-shinyworkshop2019/) - 메타분석 웹 개발 후기: [Shinykorea 밋업](https://blog.zarathu.com/posts/2020-08-22-meta-analysis-shiny/) - 삼성병원 의학통계 강의: [기술통계](https://blog.zarathu.com/posts/2020-07-08-table1inmed/) , [회귀분석](https://blog.zarathu.com/posts/2020-07-22-regressionbasic/) - 서울대병원 R 강의: [데이터매니지먼트](https://blog.zarathu.com/posts/2020-02-16-rdatamanagement-basic/), [tidyverse](https://blog.zarathu.com/posts/2020-04-06-rdatamanagementtidyverse/) --- # 창업 도전 .large[ 스타트**업**(X), 스타트**만** - 백종원 골목식당 사장님께 감정이입. - 업의 본질: 가내수공업 - 일본 초밥 명인 OK. ] -- .large[ 마음가짐 - 책임지는 삶 - 민심은 천심 ] --- # 계획 .large[ - 의학연구자를 이롭게. - 의학지식을 만든다. - 생명을 살리고 건강증진에 기여. - 홍익인간 - 우주를 이롭게(?) ] -- .large[ 현재 1/2 단계, 다음단계로 가는법 모름. 천하삼분지계 알려줄 제갈량을 찾습니다. ] --- # Executive Summary .large[ - 연구지원법인 [차라투](https://www.zarathu.com) 를 운영, R/shiny 활용해 의학연구를 지원합니다. - 의과대학, 유전체연구 박사과정, 삼성전자 무선사업부를 거치며 임상, 유전체, 모바일헬스 등 다양한 데이터를 다루었습니다. - [Shiny 밋업](https://github.com/shinykorea/Meetup) 의 진행과 후원을 맡아, 의료/축산/게임/반도체/신용평가/IPTV 등 다양한 분야의 사람들과 함께 Shiny 를 알아가는 중입니다. ] --- class: center, middle # END