manhattanly 패키지를 활용해서 interactive plot을 그려보도록 하겠다. 자세한 내용은 http://sahirbhatnagar.com/manhattanly/ 를 참고하기 바란다. Interactive plot은 용량이 커 로드에 시간이 걸린다. 본 실습에서는 top 10000개의 결과만 그리겠다. 서버 https://secondmath.shinyapps.io/gwas/ 에도 올려놓았으니 참고하기 바란다.

Read data: Result of (1)

library(data.table);library(ggplot2);library(manhattanly);library(DT);library(glue)
## See example usage at http://sahirbhatnagar.com/manhattanly/
dir="/home/jinseob2kim/Dropbox/example"
setwd(dir)
res.final = fread("ResGWASAddgene.csv")[order(P)][1:10000]
#set.seed(5385)
#res.prune.addgene = fread("ResPruneAddgene.csv")
#res.final=res.prune.addgene
#res.final = res.prune.addgene[sample(.N,10000)]

## SNP of interest
SNP.interest = res.final[P<=5e-8,SNP]

QQ plot

#devtools::install_github("sahirbhatnagar/manhattanly", build_vignettes = TRUE)
qqly(res.final, snp = "SNP",p="P",gene="symbol", highlight =SNP.interest, annotation1="CHR", annotation2="BP")